Su organización está a cargo de la Federación Palestina de Fútbol, perteneciente a la Confederación Asiática de Fútbol (AFC) y a la Federación de Fútbol de Asia Occidental. A partir de 2021, la Confederación Brasileña de Fútbol (CBF) asumirá la gestión del deporte, mientras que la CBFS será responsable de la organización de los campeonatos. Previo a comenzar el Torneo Apertura 2004 falleció José Pastoriza, entrenador del equipo en aquel momento, y hombre que dirigió al equipo a ganar la Libertadores y la Intercontinental de 1984 también como técnico, y campeón también de la Libertadores 1972 como jugador, entre otros títulos. La «caravana» incluyó una larga bandera de 300 metros de largo y un autobomba que exhibió réplicas de la Copa Libertadores y la Copa Intercontinental. Muy lamentado por los jugadores a los que les tocó descender y por la hinchada de Independiente, que fue muy elogiada por el público general por permanecer cantando y alentando de forma apasionante. En 2002 comenzaron a hacerse de público conocimiento problemas de endeudamiento en Independiente, que derivaron en malos rendimientos en el plano deportivo y crisis institucionales, MADRID SHOP con dirigentes teniendo problemas para finalizar sus mandatos en buenos términos. Pero por diferencia de gol logró el bicampeonato ante un intimidante público de casi 90.000 espectadores.

La copa ante el Flamengo en el Maracaná fue quizás el punto culminante de una etapa en Independiente. El segundo semestre del torneo fue una réplica del primero. Fue el primero de una serie de tristes sucesos para el club murciano que se sucedieron durante los siguientes años. Durante dos años y medio, mientras se levantaba el estadio, Independiente ejerció como local en los estadios Tomás Adolfo Ducó de Huracán, el Estadio Ciudad de Lanús y el Estadio Presidente Perón de Racing. Una semana después del descenso, una asamblea dirigencial en la sede social del club fue brutalmente interrumpida por un ataque de sillazos al presidente Javier Cantero. El mismo comenzó con una recha negativa que, en primera instancia, alejó a Independiente del ascenso, desencadenando un nuevo clima de crisis, manifestaciones de hinchas contra los dirigentes, y la renuncia del presidente Cantero, quedando su cargo en manos de un interinato.

El lanzador nunca podrá ser el portero y podrá realizarse el saque con las manos o los pies. Durante 2011 quedó eliminado muy tempranamente de la Copa Libertadores 2011 y la Copa Sudamericana 2011, y perdió las finales de la Copa Suruga Bank 2011 y la Recopa Sudamericana 2011. En el torneo local no logró escaparle al descenso, comenzando el 2012 comprometido con el mismo. En 2009 se inauguró el Estadio Libertadores de América, aunque gran parte del mismo estaba sin terminar, e inclusive, algunas secciones de las tribunas sin siquiera tener comenzada su construcción. La construcción del nuevo estadio implicó la demolición del histórico pero envejecido estadio de La Doble Visera. En 2003 debutó oficialmente el jugador Sergio Agüero con apenas 15 años, el debutante más joven en la historia del fútbol argentino. En 1999, Independiente fue incluido por primera vez en un videojuego de fútbol, el FIFA 2000. Bajo el nombre de «Inde 72-75» fue incluido entre los «equipos clásicos», un modo de juego nuevo que trajo a la escena a los mejores equipos de la historia.

UU. en la final que ganaron 3:2, después de remontar una desventaja de 0:2 en el descanso, para sellar su tercera Copa FIFA Confederaciones. ↑ FIFA (22 de diciembre de 2022). «Clasificación Mundial FIFA Coca Cola – Clasificación masculina» (HTML). En la temporada 2010-11, Antonio Gómez Pérez fue el elegido para entrenar al club pero el mal juego hizo que en diciembre fuera destituido. El disputado y polémico encuentro tuvo lugar el 19 de diciembre en la Ciudad Deportiva de Valdebedas y finalizó con un resultado adverso de 0-1 que pese a recortar distancias entre ambos conjuntos, mantuvo a «las blancas» como terceras clasificadas del campeonato. Pitus Prat, primer goleador del campeonato de Liga. Andrés Silvera fue el goleador del torneo, metiendo muchos goles claves para los Diablos Rojos. Luego en semifinales parecía que la ilusión se acababa cuando arrancó perdiendo 3-0 con la Liga de Quito en tierras ecuatorianas, pero a través de Lucas Mareque y Andrés Silvera acabó el encuentro con un 3-2 que en un Estadio Libertadores repleto se encargó de remontar por 2-1, con goles de Facundo Parra y Hernán Fredes.